The Use of Quantitative Fluorescence PCR for Common Aneuploidy Detection in Prenatal Diagnosis

Abstract

Background: The major type of chromosomal abnormality is aneuploidy which has the chance both too many and too few numbers of chromosomes. Trisomy is a common aneuploidy in prenatal diagnostic problem. The gold standard for detection of this abnormality is karyotype analysis. However, this method has many processes that cause time-consuming and wanted the experience of laboratory personnel. All of these issues lead to the increasing of parental anxiety. Objective: The purpose of this study was to evaluate a molecular method, QF-PCR, to detect common aneuploidy in prenatal diagnosis. Methods: We performed this assay in 100 prenatal samples. Then, the prenatal DNA samples were extracted and detected for aneuploidy status by QF-PCR. These results were compared with karyotyping results. Results: 99 of 100 total samples can be interpreted. There were 92 cases with normal and aneuploidy karyotypes had the same result with QF-PCR. Mosaicism could be detected too. In 4 cases of unbalance autosomal rearrangements the QF-PCR results were normal. In 3 cases of marker chromosome, 2 cases were interpreted as normal and other the QF-PCR result was reported to be monosomy X. In the case of pentasomy X, OF-PCR result was reported to be triple X. In one case was inconclusive from maternal cell contamination. Conclusions: QF-PCR is an alternative method to detect common aneuploidy in prenatal samples. Because there was no false positive result in normal karyotype samples and cases of common aneuploidy showed no false negative result as well.

บทนำ: ความผิดปกติของโครโมโซมที่พบได้มากที่สุดคือ aneuploidy ซึ่งพบได้ทั้งการขาด และการเกินของจำนวนโครโมโซม ภาวะโครโมโซม (Trisomy) เป็นปัญหาที่พบมากที่สุดในการตรวจวินิจฉัยการคลอด การทำแคริโอไทพ์เป็นวิธีมาตรฐานที่ใช้ในการตรวจความผิดปกติของโครโมโซม แต่เนื่องจากมีขั้นตอนในการตรวจวิเคราะห์หลายขั้นตอน และต้องอาศัยความรู้ ความชำนาญ และประสบการณ์ในการดูแลความผิดปกติของโครโมโซม ทำให้เพิ่มความวิตกกังวลของมารดาที่เข้ารับการตรวจ ดังนั้นการใช้เทคนิคที่มีความรวดเร็ว และให้ผลที่ถูกต้องแม่นยำ จะทำให้สามารถลดความวิตกกังวลของมารดาได้ วัตถุประสงค์: เพื่อประเมินการใช้วิธี quantitative fluorescence PCR (QF-PCR) ซึ่งใช้ตรวจหา aneuploidy ชนิดที่พบบ่อยในการตรวจวินิจฉัยก่อนคลอด วิธีการศึกษา: การศึกษาครั้งนี้ใช้ตัวอย่างการตรวจวินิจฉัยก่อนคลอด ได้แก่ น้ำคร่ำ หรือตัวอย่างชิ้นเนื้อรกทั้งหมด 100 ตัวอย่าง จากนั้นทำการสกัด DNA และทำการตรวจหา aneuploidy โดยใช้หลักการ QF-PCR ผลการทดสอบทั้งหมดจะนำมาเปรียบเทียบกับผลที่ได้จากการตรวจโดยวิธีการมาตรฐาน (การทำแคริโอไทพ์) เพื่อดูความสอดคล้อง ผลการศึกษา: จากตัวอย่างการวินิจฉัยก่อนคลอด 100 ตัวอย่าง พบว่า สามารถแปลผลได้ 99 ตัวอย่าง โดย 92 ตัวอย่าง มีทั้งที่ให้ผลการตรวจโครโมโซมให้ผลปกติ aneuploidy และ mosaicism ให้ผลสอดคล้องกับการตรวจโครโมโซม ส่วนในตัวอย่างที่ให้ผลการตรวจโครโมโซมเป็น marker chromosome, unbalance autosomal rearrangement, pentasomy X ผลการตรวจ QF-PCR ให้ผลการตรวจไม่ตรงกัน สำหรับตัวอย่างรายที่ไม่สามารถแปลผลได้นั้น เกิดจากมีเซลล์ของมารดาปนมากับตัวอย่าง สรุป: QF-PCR สามารถเป็นวิธีทางเลือกในการตรวจสอบ aneuploidy ชนิดที่พบบ่อยในตัวอย่างก่อนคลอด เพราะไม่มีผลบวกปลอมในตัวอย่างโครโมโซมปกติและในกรณีของ aneuploidy ซึ่งแสดงให้เห็นว่าไม่มีผลลบปลอมเช่นกัน