Study of genotypic variation of Pneumocystis Jirovecii in Thai patients by using real-time PCR with high resolution melt analysis and DNA sequencing method

Abstract

เชื้อนิวโมซีสทีส จิโรเวคซิไอจัดเป็นเชื้อราฉวยโอกาสที่พบบ่อยเป็นอันดับสองที่ทำให้ผู้ป่วยที่มีภูมิคุ้มกันบกพร่องเกิดโรคปอดอักเสบ Pneumocystis jirovecii pneumonia (PcP) อย่างไรก็ตามความรู้ทางด้าน ความหลากหลายทางพันธุกรรมและระบาดวิทยาของเชื้อราชนิดนี้ที่แยกจากผู้ป่วยชาวไทยยังมีน้อย จุดประสงค์ ของการศึกษานี้เพื่อทำการศึกษารูปแบบความแตกต่างของลำดับเบสบนดีเอ็นเอบริเวณตำแหน่งยีน mitochondrial large subunit ribosomal RNA (mt LSU rRNA) จากตัวอย่างน้ำล้างปอด (B ALF) เสมหะ (SP) และน้ำล้างกระเพาะ อาหาร (GW) ซึ่งเก็บจากผู้ป่วยชาวไทย โดยใช้วิธีการเปรียบเทียบระหว่างวิธีการเรียงลำดับเบสบนดีเอ็นเอและ เทคนิคการตรวจวัดปริมาณกรดนิวคลิอิกในสภาพจริงร่วมกับการวิเคราะห์ high resolution melt โดยการศึกษาครั้ง นี้ใช้เกณฑก์ ารคัดแยกสายพันธุ์ของ Wakefield และคณะ ซึ่งทำการเปรียบเทียบกับนิวคลีโอไทด์ที่ใช้เทียบเพื่อคัด แยกสายพันธุ์ (consensus sequence) ของ mt LSU rRNA ของเชื้อนิวโมซีสทีส จิโรเวคซิไอ จากสิ่งส่งตรวจจำนวน 64 ตัวอย่าง ทั้งนี้เป็นการศึกษายีนm t LSU rRNA ของเชื้อนิวโมซีสทีส จิโรเวคซิไอ ครั้งแรกในผู้ป่วยคนไทย ผล การศึกษาครั้งนี้พบว่าลักษณะทางพันธุกรรมของเชื้อนิวโมซีสทีส จิโรเวคซิไอ มีการผันแปรเมื่อเทียบกับลักษณะ พันธุกรรมที่มีการรายงานก่อนหน้านี้จากประเทศต่างๆ ข้อมูลดังกล่าวอาจนำมาใช้ในการศึกษาทางด้านระบาด วิทยา กระบวนการติดต่อของเชื้อชนิดนี้รวมทั้งการศึกษาการดื้อยาเฉพาะในกลุ่มผู้ป่วยคนไทยในอนาคตได้