PCR-based detection of hepatopancreatic parvovirus and white-spot syndrome virus in penaeus monodon
3
Issued Date
2000
Copyright Date
2000
Resource Type
Language
eng
File Type
application/pdf
No. of Pages/File Size
xxv, 150 leaves : ill. (col.)
ISBN
9746642642
Access Rights
open access
Rights
ผลงานนี้เป็นลิขสิทธิ์ของมหาวิทยาลัยมหิดล ขอสงวนไว้สำหรับเพื่อการศึกษาเท่านั้น ต้องอ้างอิงแหล่งที่มา ห้ามดัดแปลงเนื้อหา และห้ามนำไปใช้เพื่อการค้า
Rights Holder(s)
Mahidol University
Bibliographic Citation
Thesis (M.Sc. (Biochemistry))--Mahidol University, 2000
Suggested Citation
Karnyupha Jittivadhna PCR-based detection of hepatopancreatic parvovirus and white-spot syndrome virus in penaeus monodon. Thesis (M.Sc. (Biochemistry))--Mahidol University, 2000. Retrieved from: https://repository.li.mahidol.ac.th/handle/123456789/94615
Title
PCR-based detection of hepatopancreatic parvovirus and white-spot syndrome virus in penaeus monodon
Alternative Title(s)
การใช้เทคนิคพีซีอาร์ในการตรวจหาเชื้อไวรัสเอ็ชพีวีและเชื้อไวรัสตัวแดงดวงขาวในกุ้งกุลาดำ
Author(s)
Advisor(s)
Abstract
Hepatopancreatic parvovirus (HPV) causes stunting of growth thus reducing the harvested yield of shrimp. One-tube nested PCR for detection of HPV was developed in this study. Specific primers for HPV were designed from partial nucleotide sequence of HPV genome. These primers gave HPV specific product with as little as 0.001 fg of HPV DNA while no product was obtained from other DNA templates derived from other viral pathogens or from Penaeus monodon. The primers produced HPV specific product of 375 and 262 bp fragments when at least 10 fg of HPV DNA were included in one-tube nested PCR. Only a band of 262 bp fragment was detected from 0.001 fg to 1 fg of HPV DNA. In one-tube PCR assays to detect HPV DNA in shrimp hepatopancreas, hemolymph, eye stalk, pereiopod, pleopod, and feces, the virus was found in all six parts. HPV was found in greatest concentration in the hepatopancreas and feces while its concentration in hemolymph was the lowest. Multiplex PCR for simultaneous detection of hepatopancreatic parvovirus (HPV) and white-spot syndrome virus (WSSV) was also developed in this study. Specific primers for HPV was designed to be used in parallel with the previously developed WSSV-specific primers. The HPV primers used in multiplex PCR amplified an expected 362 bp product while WSSV primers amplified a 232 bp product. The specific primers for each virus were able to detect as little as 0.01 pg of each viral DNA template. No fragment was obtained using nucleic acid templates extracted from healthy Penaeus monodon and other shrimp pathogens. By using multiplex PCR assays to detect HPV and WSSV DNA in the hepatopancreas and pleopod of 20 shrimps, those tissues of ten shrimps were all HPV positive. All pleopods of the other ten shrimp specimens were also found to contain WSSV. In completed PCR reaction containing hepatopancreas DNA of the latter shrimp group, WSSV artifacts were observed in 5 shrimp specimens. No co-infection of the two viruses was found from those infected shrimps.
เฮปาโตแพนครีเอติกพาร์โวไวรัส (เอ็ชพีวี) สามารถก่อให้เกิดโรคในกุ้ง penaeid โดย ทำให้กุ้งมีการเจริญเติบโตช้า ส่งผลให้เกิดลักษณะแคระแกร็น ในการศึกษาวิจัยครั้งนี้ได้พัฒนา วิธี one-tube nested PCR เพื่อใช้ในการตรวจหาเชื้อเอ็ชพีวีโดยทำการออกแบบไพรเมอร์ที่ จำเพาะสำหรับการตรวจหาเชื้อจากข้อมูลลำดับเบสบางส่วน ไพรเมอร์ที่ออกแบบสามารถขยาย ดีเอ็นเอขนาด 375 และ 262 คู่เบส ซึ่งมีความจำเพาะต่อเชื้อเอ็ชพีวีเท่านั้น และความไว ในการตรวจอยู่ในระดับ 0.001 เฟมโตกรัม เมื่อใช้ดีเอ็นเอบริสุทธิ์ของเชื้อเอ็ชพีวีเป็นดีเอ็นเอ ตั้งต้น เทคนิค one-tube nested PCR ที่พัฒนาขึ้นนี้สามารถใช้บ่งบอกปริมาณเชื้อเอ็ชพีวีใน ตัวอย่างได้ โดยสามารถตรวจพบผลผลิตพีซีอาร์ขนาด 375 และ 262 คู่เบส เมื่อใช้ดีเอ็นเอ ของเชื้อเอ็ชพีวี ตั้งแต่ 10 เฟมโตกรัมขึ้นไปเป็นดีเอ็นเอตั้งต้นและสามารถตรวจพบผลผลิต พีซีอาร์เฉพาะขนาด 262 คู่เบส เมื่อใช้ดีเอ็นเอตั้งต้นของเชื้อเอ็ชพีวีตั้งแต่ 0.001 เฟมโตกรัมถึง 1 เฟมโตกรัม ในการนำเทคนิค one-tube nested PCR ไปตรวจหาเชื้อเอ็ชพีวี ในตับ เลือด ก้านตา ขาเดิน ขาว่ายน้ำ และมูลกุ้ง พบว่าส่วนที่มีการตรวจพบเชื้อมากที่สุด ได้แก่ตับและมูลกุ้ง ส่วนที่มีการตรวจพบเชื้อน้อยที่สุดคือ เลือดกุ้ง นอกจากนี้ได้ทำการพัฒนาเทคนิค multiplex PCR เพื่อใช้ในการตรวจหาเชื้อเอ็ชพีวี และไวรัสตัวแดงดวงขาวได้พร้อมกันในหลอดเดียว โดยทำการออกแบบไพรเมอร์ที่จำเพาะสำหรับ ใช้ในการเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอของเชื้อเอ็ชพีวี เพื่อใช้ควบคู่ไปกับไพรเมอร์ที่จำเพาะสำหรับ ไวรัสตัวแดงดวงขาวซึ่งได้มีผู้พัฒนาไว้แล้ว ไพรเมอร์จำเพาะสำหรับเชื้อเอ็ชพีวีให้ผลผลิต พีซีอาร์ขนาด 362 คู่เบส และไพรเมอร์ที่จำเพาะสำหรับไวรัสตัวแดงดวงขาวให้ผลผลิตขนาด 232 คู่เบน ความไวของการตรวจพบเชื้อทั้งสองอยู่ในระดับ 0.01 พิโคกรัม เมื่อใช้ดีเอ็นเอ บริสุทธิ์ของเชื้อเอ็ชพีวีหรือไวรัสตัวแดงดวงขาวเป็นดีเอ็นเอตั้งต้น การนำเทคนิค multiplex PCR ไปตรวจหาการติดเชื้อเอ็ชพีวีและไวรัสตัวแดงดวงขาวในธรรมชาติจากตับและขาว่ายน้ำของกุ้ง พบการติดเชื้อเอ็ชพีวีในเนื้อเยื่อทั้งสองจากกุ้งตัวอย่าง 10 ตัว ที่มีลักษณะการติดเชื้อเอ็ชพีวี และพบการติดเชื้อไวรัสตัวแดงดวงขาวในขาว่ายน้ำของกุ้งตัวอย่าง 10 ตัว ที่มีการติดเชื้อไวรัสนี้ โดยธรรมชาติ ทั้งนี้สามารถตรวจพบไวรัสตัวแดงดวงขาวในตับของกุ้งตัวอย่างกลุ่มหลังได้เพียง 5 ตัวอย่างเท่านั้น จากตัวอย่างกุ้งทั้งหมด 20 ตัวอย่าง ไม่พบการติดเชื้อร่วมกันของไวรัส ทั้งสองชนิด
เฮปาโตแพนครีเอติกพาร์โวไวรัส (เอ็ชพีวี) สามารถก่อให้เกิดโรคในกุ้ง penaeid โดย ทำให้กุ้งมีการเจริญเติบโตช้า ส่งผลให้เกิดลักษณะแคระแกร็น ในการศึกษาวิจัยครั้งนี้ได้พัฒนา วิธี one-tube nested PCR เพื่อใช้ในการตรวจหาเชื้อเอ็ชพีวีโดยทำการออกแบบไพรเมอร์ที่ จำเพาะสำหรับการตรวจหาเชื้อจากข้อมูลลำดับเบสบางส่วน ไพรเมอร์ที่ออกแบบสามารถขยาย ดีเอ็นเอขนาด 375 และ 262 คู่เบส ซึ่งมีความจำเพาะต่อเชื้อเอ็ชพีวีเท่านั้น และความไว ในการตรวจอยู่ในระดับ 0.001 เฟมโตกรัม เมื่อใช้ดีเอ็นเอบริสุทธิ์ของเชื้อเอ็ชพีวีเป็นดีเอ็นเอ ตั้งต้น เทคนิค one-tube nested PCR ที่พัฒนาขึ้นนี้สามารถใช้บ่งบอกปริมาณเชื้อเอ็ชพีวีใน ตัวอย่างได้ โดยสามารถตรวจพบผลผลิตพีซีอาร์ขนาด 375 และ 262 คู่เบส เมื่อใช้ดีเอ็นเอ ของเชื้อเอ็ชพีวี ตั้งแต่ 10 เฟมโตกรัมขึ้นไปเป็นดีเอ็นเอตั้งต้นและสามารถตรวจพบผลผลิต พีซีอาร์เฉพาะขนาด 262 คู่เบส เมื่อใช้ดีเอ็นเอตั้งต้นของเชื้อเอ็ชพีวีตั้งแต่ 0.001 เฟมโตกรัมถึง 1 เฟมโตกรัม ในการนำเทคนิค one-tube nested PCR ไปตรวจหาเชื้อเอ็ชพีวี ในตับ เลือด ก้านตา ขาเดิน ขาว่ายน้ำ และมูลกุ้ง พบว่าส่วนที่มีการตรวจพบเชื้อมากที่สุด ได้แก่ตับและมูลกุ้ง ส่วนที่มีการตรวจพบเชื้อน้อยที่สุดคือ เลือดกุ้ง นอกจากนี้ได้ทำการพัฒนาเทคนิค multiplex PCR เพื่อใช้ในการตรวจหาเชื้อเอ็ชพีวี และไวรัสตัวแดงดวงขาวได้พร้อมกันในหลอดเดียว โดยทำการออกแบบไพรเมอร์ที่จำเพาะสำหรับ ใช้ในการเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอของเชื้อเอ็ชพีวี เพื่อใช้ควบคู่ไปกับไพรเมอร์ที่จำเพาะสำหรับ ไวรัสตัวแดงดวงขาวซึ่งได้มีผู้พัฒนาไว้แล้ว ไพรเมอร์จำเพาะสำหรับเชื้อเอ็ชพีวีให้ผลผลิต พีซีอาร์ขนาด 362 คู่เบส และไพรเมอร์ที่จำเพาะสำหรับไวรัสตัวแดงดวงขาวให้ผลผลิตขนาด 232 คู่เบน ความไวของการตรวจพบเชื้อทั้งสองอยู่ในระดับ 0.01 พิโคกรัม เมื่อใช้ดีเอ็นเอ บริสุทธิ์ของเชื้อเอ็ชพีวีหรือไวรัสตัวแดงดวงขาวเป็นดีเอ็นเอตั้งต้น การนำเทคนิค multiplex PCR ไปตรวจหาการติดเชื้อเอ็ชพีวีและไวรัสตัวแดงดวงขาวในธรรมชาติจากตับและขาว่ายน้ำของกุ้ง พบการติดเชื้อเอ็ชพีวีในเนื้อเยื่อทั้งสองจากกุ้งตัวอย่าง 10 ตัว ที่มีลักษณะการติดเชื้อเอ็ชพีวี และพบการติดเชื้อไวรัสตัวแดงดวงขาวในขาว่ายน้ำของกุ้งตัวอย่าง 10 ตัว ที่มีการติดเชื้อไวรัสนี้ โดยธรรมชาติ ทั้งนี้สามารถตรวจพบไวรัสตัวแดงดวงขาวในตับของกุ้งตัวอย่างกลุ่มหลังได้เพียง 5 ตัวอย่างเท่านั้น จากตัวอย่างกุ้งทั้งหมด 20 ตัวอย่าง ไม่พบการติดเชื้อร่วมกันของไวรัส ทั้งสองชนิด
Description
Biochemistry (Mahidol University 2000)
Degree Name
Master of Science
Degree Level
Master's degree
Degree Department
Faculty of Science
Degree Discipline
Biochemistry
Degree Grantor(s)
Mahidol University