DNA Methylation profiling in thai ovarian cancer patients

Abstract

Ovarian cancer is the deadliest cancer of the female reproductive system, and the incidence is the seventh most common cancer in women worldwide. It is the sixth most common cancer and the second gynecologic cancer in Thai women. Ovarian cancer possibly caused by DNA methylation that is the best-known epigenetic mechanism associated with gene expression. The purpose of this study is to determine DNA methylation profiling in Thai ovarian cancer patients and correlate the DNA methylation changes with aggressive phenotype and prognostic impact. Twenty-six fresh ovarian tissue samples from twelve serous epithelial ovarian cancer (EOC), six non-serous EOC and eight benign tissues were identified for DNA promoter methylation status using methylation microarray. Subsequently, validation of the microarray results was obtained by using bisulfite pyrosequencing. In this study, three promoter methylated genes were demonstrated to involved in EOC (i) EGFL7 hypermethylation in serous EOC, (ii) RASSF1 hypermethylation in non-serous EOC and (iii) RUNX3 hypomethylation in non-serous EOC. Detection of the DNA methylation signatures may be useful as a biomarker in ovarian cancer initiation and progression that may be suitable for screening, diagnostic and prognostic prediction in ovarian cancer patients with EOC

มะเร็งรังไข่เป็นมะเร็งที่มีความรุนแรงและเป็นสาเหตุหลักของการเสียชีวิตของโรคมะเร็งในระบบสืบพันธุ์เพศหญิง อุบัติการณ์ของโรคพบเป็นอันดับที่ 7 ของสตรีทั่วโลก มะเร็งรังไข่พบเป็นมะเร็งอันดับที่ 6 ของมะเร็งทั้งหมดและเป็นมะเร็งทางนรีเวชอันดับที่สองในสตรีไทย มะเร็งรังไข่อาจเกิดได้จากกระบวนการดีเอ็นเอเมทิเลชั่นซึ่งเป็นกลไกหนึ่งที่รู้จักกันดีในกระบวนการควบคุมเหนือพันธุกรรมหรือที่เรียกว่าอีพีเจเนติกส์ที่เกี่ยวข้องกับการแสดงออกของยีน วัตถุประสงค์ของวิทยานิพนธ์นี้ เพื่อศึกษารูปแบบของกระบวนการดีเอ็นเอเมทิเลชั่นในผู้ป่ วยมะเร็งรังไข่ชาวไทยและเพื่อศึกษาความสัมพันธ์ของกระบวนการดีเอ็นเอเมทิเลชั่นกับความรุนแรงของโรคและการพยากรณ์โรคในผู้ป่วย มะเร็งรังไข่ โดยทำการศึกษาในตัวอย่างเนื้อเยื่อสดจากมะเร็งรังไข่ จำนวน 26 ตัวอย่าง โดยแบ่งเป็นมะเร็งรังไข่ชนิดเยื่อบุผิวซีรัสจำนวน 12 ตัวอย่าง มะเร็งรังไข่ชนิดเยื่อบุผิวอื่นๆ จำนวน 6 ตัวอย่าง และ เนื้องอกรังไข่จำนวน 8 ตัวอย่าง มีการนำวิธีเมทิเลชั่นไมโครอะเรย์มาใช้ในการค้นหารูปแบบของกระบวนการดีเอ็นเอเมทิเลชั่น และตรวจสอบผลโดยวิธีไบซัลไฟต์ไพโรซีเควนซิง ผลการศึกษาแสดงให้เห็นว่า มีเมทิเลชั่นยีนที่เกี่ยวข้องกับการเกิดโรคมะเร็งรังไข่จำนวน 3 ยีน ได้แก่ (1) EGFL7 ทำให้เกิดไฮเปอร์เมทิเลชั่นในมะเร็งรังไข่ชนิดเยื่อบุผิวซีรัส (2) RASSF1 ทำให้เกิดไฮเปอร์เมทิเลชั่นในมะเร็งรังไข่ชนิดเยื่อบุผิวอื่นๆ และ (3) RUNX3 ทำให้เกิดไฮโปเมทิเลชั่นในมะเร็งรังไข่ชนิดเยื่อบุผิวอื่นๆ จากการตรวจหารูปแบบของกระบวนการดีเอ็นเอเมทิเลชั่นอาจนำไปใช้ประโยชน์เป็นตัวบ่งชี้ในการเกิดโรคมะเร็งรังไข่ การพัฒนาก้าวหน้าของโรค และอาจใช้สำหรับการตรวจคัดกรองวินิจฉัย และการพยากรณ์โรคในผู้ป่วยมะเร็งรังไข่ชนิดเยื่อบุผิวต่อไปในอนาคต